Setelah selesainya Rapat Senat Fakultas dan telah ditetapkan serta dilantiknya Dekan dan Pembantu Dekan dilingkungan UNISLA, Universitas Islam Lamongan mengadakan Rapat Senat Universitas. Seperti halnya Dekan dan Pembantu Dekan di lingkunagn UNISLA, maka masa bakti jajaran Rektorat masa bakti 2005-2009 pada bulan Juli 2009 ini juga telah berahir masa baktinya sehingga pada hari ini, Mingu tanggal 19 Juli 2009 jam 10.30 WIB sampai dengan jam 12.00 WIB di Kampus Pusat UNISLA, Jalan Veteran 53-A Lamongan, diadakan Rapat Senat Universitas Islam Lamongan.dalam rangka Pemilihan Rektor dan Pembantu Rektor untuk masa bakti 2009-20013.

Dalam rapat senat tersebut dihadiri oleh 18 orang dari 20 orang anggota senat, sehingga dengan demikian berdasarkan Tata Tertib, maka Rapat Senat tersebut telah memenuhi korum dan sah untuk mengambil keputusan yang mengikat.

Dalam Rapat Senat Universitas Islam Lamongan kali ini terdapat 6 orang nominasi calon rektor yang memenuhi syarat administrasi, yaitu : Dr. Ir. H. Chasan Bisri, Drs. KH. Achmad Mudlor, SH., Drs, H. Malchan, MAg, Drs, Suyono, MAg, Drs.H. Aminul Wahib, MM dan H. Bambang Eko Muljono, SH.,SpN.,MHum,MMA., yang diusulkan  oleh Fakultas kepada Yayasan untuk dipilih oleh Rapat senat. Namun demikian suatu hal yang tidak diduga sebelumnya oleh rapat senat tersebut adalah ternyata hanya Drs.KH.Achmad Mudlor, SH, saja yang menyatakan kesediaannya untuk diangkat sebagai rektor, sedangkan kelima nominator lainnya, dengan alasannya masing-masing,  menyatakan tidak bersedia untukdipilih sebagai rektor, sebelum pemilihan dimulai.

Oleh karena itu Rapat Senat pada akhirnya secara aklamasi memilih calon tunggal rektor dan untuk selanjutnya secara aklamasi pula menyetujui calon pembantu rektor, yang selanjutnya Calon Rektor  dan Pembantu Rektor terpilih yang akan di ajukan ke yayasan untuk ditetapkan sebagai Rektorat UNISLA masa bakti 2009-2013 adalah sebagai berikut :

Rektor                             : Drs. KH. Achmad Mudlor, SH.

Pembantu Rektor I      : H.Bambang Eko Muljono, SH.,SpN,MHum,MMA  

Pembantu Rektor II     : Drs. Suyono, MAg

Pembantu Rektor III    : Ir.Hj.Nuril Badriyah, MM

Pembantu Rektor IV   : Drs. H. Malchan, MAg.

Selanjutnya Kyai Mudlor dalam sambuatnnya menyatakan bahwa UNISLA yang baru berumur 9 tahun ini

walaupun sudah banyak yang telah dicapai namum masih sangat banyak kekurangannya. Dan untuk ituCalon Rektor yang merupakan Guru Besar emiritus STAIN/UIN Malang dan pengasuh Pesantren Luhur malang ini, mengajak semua komponen di UNISLA ang terdiri dari Yayasan, rektorat, Dekanat, Dosen, Karyawan dan Mahasiswa untuk menguat eratkan persatuan dan kesatuan di UNISLA ini untuk bersama-sama membuat UNISLA yang bercabang dan berdaun rimbun serta mempunyai akar yang kuat sehingga tidak mnudar goyah dalam mencapai tujuan pendidikan nasional dan ukhuwah Islamiyah(Humas Unisla)